渝水区国家税务局机关内设七个股室和三个管理分局，即办公室，人事教育、监察室，信息中心，征收管理股，政策法规股，管理一股，管理二股以及水西、下村、良山分局。办公室负责机关政务及全局后勤、安全保卫工作，人事教育、监察室负责干部教育、任免、考核以及内部监察、执法监察工作，信息中心负责全局信息保障、微机管理及维护工作，征收管理股负责城区一般纳税人企业发票领购、纳税申报及税款征收工作，政策法规股负责一般纳税人认定、年检、出口供货企业实地核查以及企业结算、金税工程管理工作，管理一股、管理二股分别负责城区范围内一般纳税人和小规模纳税人、个体工商户的税收征管工作，水西、下村、良山分局分别负责各自辖区内一般纳税人、小规模纳税人以及个体工商户的税收征管工作。